Здравствуйте! Решился ли ваш вопрос, у меня абсолютно аналогичная проблема, МКПП, запуск со сцеплением. Всё происходит в точности как и у вас.

Приветствую! Может быть кому нить это поможет, разобрался с причиной, дело было в плохой связи иммобилайзера во время запуска. намотал по 6 витков на ключе и на кнопке "старт-стоп". Теперь все идеально.