Автору вопроса есть встречный вопрос - а если ВНИМАТЕЛЬНО посмотреть на экран брелока - ЧТО "ЛИШНЕГО" на нем есть  - когда начинается ТРЕВОГА? Неужели ничего? А если кн.3 коротко нажать при этом? НИЧЕГО дополнительно на экран ее выскакивает?
Второй вопрос - установка/подключение к автомобилю осуществлялась с использование CAN-шины или ТОЛЬКО ПРОВОДАМИ?
Третий вопрос - ЧТО было использовано в качестве ОБХОДЧИКА? Бесключевой FIRTIN (или i-DATA-LINK) или обычный ЧИПовый обходчик?

Ответьте на вопрос - что паказывает БРЕЛОК при просмотре температуры двигателя? Дважды быстро коротко кнопку 4 брелока нажмите, стоя рядом с машиной. Что будет на экране? При этом машина должна поморгать и покрякать (поиск автомобиля). Главное - Что БУДЕТ НА ЭКРАНЕ брелока ПРИ ЭТОМ?

Выйдите к машине с утра с вольтметром и помощником (помощницей). Помощника - в салон с ключом зажигания, сами с вольтметром - к аккумулятору под капот.
Вольтметр ставим на клеммы аккумулятора, помощника просим крутить мотор стартером.
Если при стартерной прокрутке напряжение УПАДЕТ НИЖЕ 10 вольт- ПЛОХО, если ниже 8-9 вольт - СОВСЕМ ПЛОХО.
Сигнализация отменяет текущий запуск и СБРАСЫВАЕТ все автоматические, если в процессе попытки запуска мотора напряжение бортсети провалится ниже 10 вольт.
При этом на современных автомобилях с планетарными редукторами в стартерах последние довольно резво (на слух) крутят мотор даже при 8-9 вольтах, а современная электроника способна пшикнуть бензина в цилиндры и чиркнуть искрой даже при 7 вольтах на борту.
Если я прав в своих предположениях, то:
1. Проверьте работу генераторной установки.
2. наличие утечек энергии на борту
При отсутствии проблем по этим пунктам
3. Поведите контрольно-тренировочный цикл для аккумулятора с определением РЕАЛЬНОЙ РЕЗЕРНОЙ емкости, которая должна быть для ЗИМЫ не менее 75% от паспортного значения. Если окажется меньше и/или ВНУТРЕННЕЕЕ сопротивление так и не снизится и ПОРСАДКА при включении стартера так и будет ниже 10 вольт, то
 остается только последнее:
4. купите новый аккумулятор

Да, лампочки СТРЯХНУЛИСЬ. Своим клиентам МЕНЯЮ лампочки после того, как ПОЛАЖУ за приборной доской с её шевелением/снятием/установкой. Цена лампочкам - ТРИ КОПЕЙКИ, проверить и ЗАМЕНИТЬ - какие из них ПОМЕРЛИ - несколько минут делов (когда приборная доска в руках и уже снята). А вот РАЗБИРАТЬ торпедо и извлекать табло - это уже дольше. На некоторых машинах не один десяток минут. Да и пластмассе здоровья не прибавляет дергать её туда-сюда...
Так что НЕ ТО МЕСТО Вы выбрали для установки сигнализации... Вернуть клиенту автомобиль, не ставшим хуже - это культура производства. В крайнем случае - выписать ему в счет ЗАМЕНУ ЛАМПОЧЕК, если уж ЖАБА ДАВИТ их бесплатно менять...

На САНДЕРО-  ПО ПРОСТОМУ никак. Ибо тот электропривод, что стоит в багажной двери - это и есть ЦЗ - блокиратор/разблокиратор замка и не более.
Поэтому для ОТПИРАНИЯ БАГАЖНИКА ПОТРЕБУЕТСЯ:
1. Установить СУПЕР-упоры на крышку багажной двери - чтобы ОНА ПОДКИДЫВАЛАСЬ даже в любой мороз при расстегивании замка крышки багажной двери. На Вашем автомобиле это непростая задача. Это не ЛОГАН компоновки СЕДАН...
2. Сгородить огород из вот такого привода Электропривод, подключенного по схеме С РЕЛЕ, изображенной в инструкции по установке ДЛЯ "УСТАНОВКА ЭЛЕКТРОПРИВОДА ОТПИРАНИЯ БАГАЖНИКА".

Но это еще не все. потому что отпираться багажник будет  (если ничего больше не сделать) только в режиме СНЯТО С ОХРАНЫ (при незапертом замке в багажной двери). Чтобы он отпирался еще  и в режиме ОХРАНА (когда все замки ЗАПЕРТЫ) надо будет еще и ПЕРЕРЕЗАТЬ провод ОТПИРАНИЕ того штатного электропривода ЦЗ, что в замке багажной двери живет и поставить ЕЩЕ ОДНО РЕЛЕ. Катушку его подключить параллельно катушке уже установленного реле (см. п.2 выше). Контакт 30 этого реле подключить к хвостику, торчащему из замка двери, контакт 87а(88) подключить к хвостику, идущему в проводку авто, контакт 87 подключить к +12 вольт, ту да же, куда и первое реле из п.2 подключено ЧЕРЕЗ ПРЕДОХРАНИТЕЛЬ.
ВНИМАНИЕ!!! Суммарный ток ДВУХ катушек реле НЕ ДОЛЖЕН ПРЕВЫСИТЬ допустимый для выхода сигнализации ТОК!!! Поэтому реле надо выбирать с сопротивлениями катушек не менее 170ом, лучше, если оно будет 200...340 Ом у каждого. Обычные автомобильные реле с катушками 70Ом - ОПАСНО выходом канала из строя!!!

Вот только теперь багажник можно будет открыть с пульта сигнализации ДАЖЕ В РЕЖИМЕ ОХРАНА. И если автомобиль в охране - не забыть нажать кнопку ПОСТАНОВКА НА ОХРАНУ после захлопывания багажника - чтобы электромашинка в двери багажника ЗАБЛОКИРОВАЛА замок, заперев багажник...
Непростая задачка. Демонтаж замка двери,  дрель, напильники,  другой слесарный инструмент, а возможно и сварка - ждут Вас (чтобы прицепить тягу электропривода из п.2 к замку)... Не говоря уже о ЭЛЕКТРОТЕХНИЧЕСКИХ изысканиях.

1. Заводится и глохнет - НЕТ НОРМАЛЬНОГО КОНТРОЛЯ "заведен/незаведен"
2. Загорается аварийка и НЕ ГАСНЕТ (если я верно понял?) - нет нормального управления световой индикацией.
3. Перестало работать управление ЦЗ - некорректное  управлением ЦЗ.

Если хоть какое-то время ВСЁ ЭТО РАБОТАЛО КОРРЕКТНО, то 
по всем пунктам ЕСТЬ подозрение, что ПРОИЗОШЕЛ СБОЙ CAN-адаптера (раз Е91 фигурирует). 
Предлагаю снять клемму аккумулятора (любую) на пару минут и одеть обратно. ВНИМАНИЕ - ЕСЛИ МАГНИТОЛА С КОДОМ ДОСТУПА, то выясните этот код ДО ТОГО, как снимете клемму!!! Если  после манипуляции с клеммой аккумулятора всё заработает, как и должно, то я прав - завис CAN-адаптер.

Если ситуация будет повторяться с завидным постоянством - обратиться по месту установки для обновления CAN-прошивки...

Про оранжево-фиолетовый - есть в инструкции по установке. Как впрочем и про сине-красный... Сине-красный на массу - только для проверки. реально он должен быть подключен вот так Подключение к РУЧНИКУ

Диод (про него тоже есть в инструкции) - в разрезе ШТАТНОГО провода. Работает без сбоев. Не одна сотня установок на МКПП.
СТАРТЕР - это очень любящий покушать агрегат. ПРОСАДКУ напряжения надо смотреть ИМЕННО ТОГДА, когда ОН КУШАЕТ, то есть крутится... Смотреть напряжение борта до этого - бессмыслено - сигналка кушает 15...20мА, бортовая электорника примерно еще столько же. Даже при включении зажигания потребление не бывает выше 15А (даже если бензонасос крутится и фонари мигают). Другое дело стартер. Даже поросенок с планетарным редуктором в момент пуска может потребовать 100-150А, а раскрутившись  - кушать 50-80А.

Если есть возможность ПОСМОТРЕТЬ на глазки датчика удара - то посмотрите на них в режиме снято с охраны. Если машину никто не трогает а они ГОРЯТ или мигают, то скорее всего датчик надо сдавать в сервис-центр на диагностику и скорее всего под замену. Если миганий нет, то надо ПРОСТО ОТРЕГУЛИРОВАТЬ ЧУВСТВИТЕЛЬНОСТЬ по зонам. а лучше сначала ПЕРЕНЕСТИ датчик туда, где он не будет "слышать" хруста пластмассы в процессе остывания салона и... заново отрегулировать.

ОТВЕТЬТЕ НА ВОПРОСЫ, которые я задал. Подозреваю, что у Вас кроме подключения стартера еще есть с чем поработать...
А вот Вам еще вопросы для ответов:
А)КЛЮЧОМ-ТО МАШИНА ЗАВОДИТСЯ? Или нет?
Б) А зеленый предохранитель на красном толстом проводе цел?
В) Сигналка запитана? На кнопки брелока реакция есть? 

Ну тогда может ПЯТИПРОВОДНЫЙ привод (с микриком) в дверь водителя внедрить???
Да, автоВАЗ не ищет легких путей. Ни себе, ни другим...