Your comments

И эти проблемы у Вас на Toyota? А если бы вас угораздило к этим установщикам попасть с МАЗДОЙ или ХОНДОЙ? 
Явно усматриваю ГРУБЫЕ ошибки в подключениях и настройках.
У Вас машина с МКПП, поэтому надпись ОСТ (не СТОП, а ОСТ) на брелоке ПРИ ПОПЫТКЕ ЗАВЕСТИ автомобиль С БРЕЛОКА после тревоги - ЭТО ПРАВИЛЬНО и ЗАКОНОМЕРНО - неизбежные последствия ТРЕВОГИ - происходит ОТМЕНА ПРОГРАММНОЙ НЕЙТРАЛИ (почитайте в инструкции , пожалуйста про неё).
А теперь ПОЧЕМУ это происходит И, главное , ЧТО ДЕЛАТЬ...
Это ХРЕСТОМАТИЯ установки на автомобиль с МКПП:
1. Если сигнализация монтировалась с использованием CAN-шины, то
а) ЗАПРЕТИТЬ чтение статусов ТОРМОЗ (всех.какие есть) и ПАРКИНГ.
б) я бы еще запретил и чтение ЗАЖИГАНИЯ и КОНТРОЛЬ "ДВИГАТЕЛЬ ЗАВЕДЕН" = смотри далее п.4
2. оранжево-фиолетовый провод сигнализации (РАБОЧИЙ ТОРМОЗ) соединить с МАССОЙ.
3. сине-черный провод сигнализации (РУЧНОЙ ТОРМОЗ) подключить к концевику СТОЯНОЧНОГО тормоза по схеме, приведенной ВЫШЕ (с диодом). Только эта схемка для сигналок попроще и там ТОЛЬКО ОДИН провод контроля тормоза, поэтому на схемке ОРАНЖЕВО-ФИОЛЕТОВЫЙ фигурирует. У Вас цвет ЭТОГО ПРОВОДА контроля РУЧНИКА - сине-красный!!! И все это ЕСТЬ В ИНСТРУКЦИИ ПО УСТАНОВКЕ (но кто их читает - эти инструкции).

4. Так как чтение статусов из CAN связано с ЗАСЫПАНИЕМ шины и периодическим НЕ ЧТЕНИЕМ, то  ДЛЯ НАДЕЖНОСТИ контроля ЗАВЕЛОСЬ/НЕ ЗАВЕЛОСЬ, Особенно на АВТОМОБИЛЕ с МКПП (ведь если произойдет отмена ПРОГРАММНОЙ НЕЙТРАЛИ из-за сбоев этого чтения, то авто просто ЗАМЕРЗНЕТ) лучше делать ПРОВОДНОЕ подключение контроля ЗАЖИГАНИЕ - желтый тонкий провод подключить в точку схемы автомобиля, где +12 появляется при включении ЗАЖИГАНИя. А серо-черный провод контроля работы двигателя подключить НА ТАХО-контроль. У Toyota это контакт 9 гнезда диагностики (отдельно стоящий проводок). В настройках таблицы 2 сделать выбор - прокрутка 6 сек, контроль ТАХОМЕТР.
С Toyota никогда проблем не было. У меня во всяком случае.
PS Раз допущены такие "ляпы", то имеет смысл ПРОВЕРЯТЬ ВСЁ. Особенно - монтаж обходчика иммобилайцзера. Toyota готова простить ОГРЕХИ монтажа этого узла (по сравнению с той же МАЗДА или ХОНДА), но не ДО БЕСПРЕДЕЛА...
Фишка, похоже ТА самая! Но вот напряжения, которые Вы намерили на ней вводят в ступор. На борту авто нЕТ СИСТЕМ ПРЕОБРАЗОВАНИЯ энергии для получения ОТРИЦАТЕЛЬНЫХ напряжений относительно КУЗОВА автомобиля. Электропитание на современных автомобилях так и называется: БАТАРЕЙНОЕ, ОДНОПРОВОДНОЕ, с МИНУСОМ НА КУЗОВЕ. То есть все напряжения в любых точках схемы имеют прпваод быть только ПОЛОЖИТЕЛЬНОЙ полярности ОТНОСИТЕЛЬНО КУЗОВА (минуса аккумулятора). 
По идее на этой фишке должн быть НОЛЬ при выключенном зажигании.
После включения зажигания +12 вольт (характерно для HONDA). Но может и остаться НОЛЬ.
После начала вращения стартера - ИМПУЛЬСЫ ОБРАТНОЙ полярности (от +12 до нуля вольт). После запуска мотора - резкий подскок частоты импульсов и их связь с изменением "ГАЗА". Лучше использовать ОСЦИЛЛОГРАФ. Если такой возможности нет, то Спаяйте СВЕТОДИОДНУЮ КОНТРОЛЬКУ , она есть тут АЗБУКА в полном тексте азбуки. И посмотрите контролькой. Ну или свой мультиметр перепроверьте ЗАМЕРОМ напряжения прямо на аккумуляторе (общий щуп мультиметра на МИНУС аккумулятора, измерительный щуп - на ПЛЮС) - что покажет мультиметр? Если +12 вольт или около того, то теперь  измерительный щуп - на провод фишки и замеры при выкл/вкл зажигании...
На переменке измерять бессмысленно. Так как там НЕ ПЕРЕМЕНКА, а ОДНОПОЛЯРНЫЕ импульсы, да еще короткие - бОльшую часть времени там +12 вольт... 
Это не StarLine виноват, что Вам НАДО ПЕРЕУЧИВАТЬСЯ. В это "виновато" Ваше желание ЕЗДИТЬ на автомобиле с МКПП и при этом ГРЕТЬ ЕГО МОТОР в холода.
ПРОЦЕДУРА "ПРОГРАММНАЯ НЕЙТРАЛЬ" практически на всех сигнализациях ОДИНАКОВА (отличия в порядке действий незначительны И РУЧНИК задействован ВЕЗДЕ). И она предназначена ДЛЯ ТОГО, чтобы обеспечить БЕЗОПАСНОСТЬ автомобиля ДЛЯ ОКРУЖАЮЩИХ - НЕ ДОПУСТИТЬ самопроизвольного ДВИЖЕНИЯ источника повышенной опасности БЕЗ ВОДИТЕЛЯ за рулем. Читайте инструкцию по эксплуатации ВНИМАТЕЛЬНО. Там все есть...
Вам надо подъехать к установщикам и попросить переделать КОНТРОЛЬ РУЧНИКА проводным подключением с установкой диода В ШТАТНЫЙ ПРОВОД (схема есть в инструкции по установке и тут Вам уже ссылку давали...). И НЕ ИСПОЛЬЗОВАТЬ ЧТЕНИЕ ЭТОГО СТАТУСА в шине CAN. Для МКПП по-другому никак...
Установщики Аллагатора НЕ ПОЛЕНИЛИСЬ все сделать ПРАВИЛЬНО. Установщики StarLine оказались халявщиками, понадеявшимися на CAN-подключение ручника, которое не РАБОТАЕТ при выключенном зажигании...
1. Либо ВЫКЛЮЧИТЬ SLAVE, вернув в строках таблиц, где он упоминается на заводские значения  настройки. Либо полноценно настроить SLAVE  и ОБЯЗАТЕЛЬНО перевести брелок в режим МЕТКИ.
Это чтобы не орала , а просто глохла, если НЕВЕРНО нажмете тормоз.
2. При ПЕРЕХВАТЕ (открыли, сели, захлопнули дверь) нажимать и держать тормоз ДО ТЕХ ПОР, пока НЕ ПРОМОРГАЮТСЯ поворотники и не пиликнет брелок (около5 сек). 
1.Допущены множетсвенные ошибки. Скорее всего перечисленные тут ПРИЧИНЫ рукотворных "ГЛЮКОВ" SL A91
 2. Сигнализация подключена не верно. Ваша машинка непростая в плане управления ЦЗ. Те, кто взялись установить сигнализацию на неё - не в курсе этого. От сигнализации тут ничего не зависит. Менять её бессмыстленно. НАДО ПРАВИЛЬНО ПОДКЛЮЧИТЬСЯ к ЦЗ... Как?
Вот тут все ответы  Это про КАЛИНУ
Но это не все. Аналогичная электроника стоит на сестренке  ГРАНТА и её ЦЗ - как победить бЕЗ LIN-адаптера

Ну или в конце концов купить (если удастся) такой  LIN-адаптер для ВАЗ   блок 


Вам правильнее организовать такой контроль ГАБАРИТОВ (чтоб не забывать ВЫКЛЮЧИТЬ):
1. Проверить - работает-ли у Вас печка при отключенном ТОЛСТОМ ЗЕЛЕНОМ проводе сигнализации из разъема Х1 -  дублирования АКСЕССУАРОВ (я не проверял на DUSTERE - задачи не было) в процессе автозапуска, если ПЕЧКА РАБОТАЕТ, то УРА! Заизолируйте ЗЕЛЕНЫЙ ТОЛСТЫЙ и порадуйтесь еще одной вещи - теперь НЕ ОБЯЗАТЕЛЬНО выключать магнитолу ВРУЧНУЮ, уходя из авто - она не запоет на автозапуске... 

Подключите катушку  автомобильного ПЯТИКОНТАКТНОГО реле между  цепью АКСЕССУАРЫ замка зажигания  и МАССА. Соедините  цепь ГАБАРИТЫ со входом сигнализации ДВЕРИ+ (сине-красный из разъема Х3) через НЗ (нормально-замкнутый контакт) этого реле (контакты 30 и 88). Теперь, пока АКСЕССУАРЫ включены на замке зажигания - он запитан и Вы скорее всего едете - контакт разомкнут и назойливого мигания контрольного светодиода "ОТКРЫТА ДВЕРЬ" при движении не будет. Но как только Вы приехали и покинули авто, хоть подготовив, хоть не подготовив авток запуску - Вы вытащили ключ и запитка АСС пропала  и не подхватилась сигнализацией при подготовке к запуску (ЗЕЛЕНЫЙ ОТЦЕПЛЕН!!!), контакт реле замкнулся и теперь все будет зависеть от того - как Вы покинули авто - С ПОДГОТОВКОЙ или БЕЗ. Если без подготовки к запуску - при попытке поставить на охрану будет 4 кряка, а на брелоке будет МИГАЮЩАЯ ДВЕРЬ (хотя двери все закрыты) . И это будет означать. что ГАБАРИТЫ ОСТАЛИСЬ гореть. Если Вы выполнили программную нейтраль, то ПРИ ПОПЫТКЕ поставить на охрану АВТО ЩЕЛКНЕТ ЗАМКАМИ, НО НЕ ЗАГЛУШИТ МОТОР и на брелоке опять будет МИГАЮЩАЯ ДВЕРЬ! И это будет снова подсказка - что что-то не так.

Теперь по поводу ЗАБЫВАЮ ВКЛЮЧИТЬ. Конечно у сигнализации есть черно-красный провод блокировки. если его не использовали (XNJ ПЛОХО и лучше бы ИСПОЛЬЗОВАТЬ) для дополнительной блокировки чего-нибудь , не дающего ехать/Эзаводиться автомобилю, то ЗАПРОГРАММИРОВАВ его в НР режим к нему надо подключить РЕЛЕ (между ним и цепью ЗАЖИГАНИЕ) как на плакате  Плакат (ДИОД ОБЯЗАТЕЛЕН). А НР-контакт  подключить параллельно контактной группе  на переключателе света, включающей ФАРЫ. Хотя я советовал-бы Вам приобрести СВЕТОДИОДНЫЕ фонари ДХО, установить их на автомобиль и запитать их через контакты этого реле с цепи зАЖИГАНИЕ, не забыв установить ПРЕДОХРАНИТЕЛЬ соответствующего номинала.

Удачи.
У нас крепнут подозрения, что КАК ПОПАЛО смонтирован ОБХОДЧИК.  По мере холодания (при перепадах температур) излучающая способность ЧИПа падает (это характерно для HONDA и MAZDA) и  если это еще усугублено ТЯП-ЛЯП, то... ТО РАБОТАЕТ (если прочтется, то нет - если не прочтется). Поэтому и просим ОБРАТИТЬ ВНИМАНИЕ на индикатор иммобилайзера.
Обходчик лучше запитать с +12 (канал розового провода ОБЕСТОЧЕН все остальное время, пока нет автозапуска).
Не там ищете. Ищите ФИШЕЧКУ под капотом под резиновым колпачком. Это ТАХОМЕТР  для диагностики. Она есть практически на всех Хондах И ВЫГЛЯДИТ ОДИНАКОВО. Цвет провода может отличаться а место ПРЯТАНЬЯ этой фишки - разные И тем не менее вот вам пара подсказок - как выглядит эта фишечка - ищите  на фото подкапотного пространства. комментарии имеются  Одна HONDA и Другая HONDA
Вашего CIVIC на установке пока не было. Карты нет. Точек тоже нет. Тут Много CIVICов смотрели? 
И да и нет.
Надо сделать так - ПРИ ОПУЩЕНОМ ручнике выключить зажигание (авто должно заглохнуть), а затем хотя-бы ПРИПОДНЯТЬ ручник, чтобы сигнализация НЕ РУГАЛАСЬ НА НЕПОДНЯТЫЙ ручник (если боитесь его приморозить, например). Но при таком выходе из авто ЗАПУСКОВ НЕ БУДЕТ - "программная нейтраль не выполнена".
Но четырех кряков не будет, если конечно подключено по схеме, которую Роман указал.
Обычно  из CAN статус РУЧНИК  при ВЫКЛЮЧЕННОМ ЗАЖИГАНИИ читается НЕКОРРЕКТНО (точнее совсем не читается никак). И поэтому чтобы решить проблему раз и навсегда -  все же выяснять - КАКОЙ РУЧНИК у Вас и если обычный - ПЕРЕДЕЛЫВАТЬ по схеме ПРОВОДНОГО подключения С ДИОДОМ, запретив чтение из CAN статуса РУЧНИКА. 
Желтый тонкий подключить ТУДА, где +12 появляется ПОСЛЕ ВТОРОГО нажатия кнопки START (БЕЗ ВЫЖИМА ТОРМОЗА) - то есть когда табло приборной доски загорится.
После первого нажатия +12 появляется в цепях АСС, а вам надо ИМЕННО такую цепь найти, которая является одной из цепей, запитываемых в "положении" кнопки ЗАЖИГАНИЕ ВКЛЮЧЕНО. Вольтметр  не помешает для поисков.
По поводу СМЫСЛА CAN-подключения.  ЭТО ОДНА ИЗ ВОЗМОЖНОСТЕЙ. Но НЕ ПАНАЦЕЯ. 
Установщики сигнализаций не комплексуют на этот счет. НАСТОЯЩИЕ установщики. Все, что не работает  или отсутствует в CAN - ПРОФИ делает проводным подключением. Раньше все делалось без CAN. И ничего. Только ПРОФЕССИОНАЛИЗМ рос в виду НЕТРИВИАЛЬНОСТИ задач по ряду машин. К Toyota это не относится. Машины делаются НА УРА без CAN.